Az MTA KRTK RKI Alföldi Tudományos Osztálya 2012-ig, a KRTK megszervezéséig Regionális Kutatások Központja Alföldi Tudományos Intézeteként működött. Az intézet szellemi elődje a Dunántúli Tudományos Intézettel egy időben létesült Szegeden. Az intézet első egysége az MTA Földrajztudományi Kutató Intézete Alföldi Kutatócsoportjaként Békéscsabán szerveződött meg 1973-ban. Az 1982-ben létrehozott kecskeméti Településkutató Csoporttal együtt került át a két egység az 1983-ban alapított Regionális Kutatások Központja kutatóhálózatába. Az 1992-ben megalakult szolnoki és debreceni csoportokkal együtt szerveződött Alföldi Tudományos Intézetté a négy alföldi városban működő egység. 2008-ban a szolnoki csoport megszűnt, így a KRTK létrejöttekor 2012-ben már csak 3 kutatócsoport tartozott az Intézethez. Az MTA intézeteinek átszervezése után e kutatócsoportok a Regionális Kutatások Intézete keretében tudományos osztályt alkotva folytatták munkájukat, majd 2013-ban a debreceni csoport is megszűnt, így jelenleg az osztály csupán két telephelyen működik, Kecskeméten, illetve Békéscsabán.