Az MTA KRTK RKI Alföldi Tudományos Osztálya 2012-ig, a KRTK megszervezéséig Regionális Kutatások Központja Alföldi Tudományos Intézeteként működött. Az intézet szellemi elődje a Dunántúli Tudományos Intézettel egy időben létesült Szegeden. Az intézet első egysége az MTA Földrajztudományi Kutató Intézete Alföldi Kutatócsoportjaként Békéscsabán szerveződött meg 1973-ban. Az 1982-ben létrehozott kecskeméti Településkutató Csoporttal együtt került át a két egység az 1983-ban alapított Regionális Kutatások Központja kutatóhálózatába. Az 1992-ben megalakult szolnoki és debreceni csoportokkal együtt szerveződött Alföldi Tudományos Intézetté a négy alföldi városban működő egység. 2008-ban a szolnoki csoport megszűnt, így a KRTK létrejöttekor 2012-ben már csak 3 kutatócsoport tartozott az Intézethez. Az MTA intézeteinek átszervezése után e kutatócsoportok a Regionális Kutatások Intézete keretében tudományos osztályt alkotva folytatták munkájukat, majd 2013-ban a debreceni csoport is megszűnt, így jelenleg az osztály csupán két telephelyen működik, Kecskeméten, illetve Békéscsabán.

Az Alföldi Tudományos Osztály kutatásainak elsődleges célterületét képező Alföld nagyrégió sajátos környezeti konfliktusai, gazdaságának és kitüntetett fontosságú agráriumának jellegzetességei, településhálózatának a világon egyedülálló genetikája, társadalmának táji és kulturális tagoltsága, a régió egyes tájai, térségei különleges zártságának és nyitottságának, fejlettségének és elmaradottságának a térbelisége, modernizációs kényszereinek, különleges területi problémáinak sokasága mind olyan regionális kutatási témát kínál, amelyekkel az osztály kollektívája foglalkozik.

Az alföldi tér és társadalom problémáinak egyetemes érvényű, szisztematikus, interdiszciplináris megközelítésű, összehasonlító és rendszeres vizsgálata tehát az Alföldi Tudományos Intézet fő küldetése. Az osztály emellett a Regionális Kutatások Intézetének szerves részeként aktívan bekapcsolódik országos és nemzetközi kitekintésű kutatásokba is, elsősorban a térbeli társadalmi egyenlőtlenségek újratermelődését, a társadalmi-gazdasági területi folyamatok környezeti, illetve a klímaváltozáshoz kapcsolódó kölcsönhatásait, a területi közigazgatás, kormányzás, és a közszolgáltatások térbeliségét, a vidéki térségek átalakulását érintő témákban. Szintén egyre hangsúlyosabb szerepet kapnak az osztály, illetve kutatóinak munkájában az elméleti és módszertani munkák (kortárs térelméletek, gazdasági-társadalmi térfolyamatok komplex modellezése, kritikai földrajz, a társadalmi anómia vizsgálata, egyenlőtlen területi fejlődés elméleti kérdései stb.)

A sok irányban futó alapkutatások mellett az osztály kutatási egységeiben olyan alkalmazott kutatások is folynak, amelyek segítséget, alapot adnak terület- és településfejlesztési problémák megoldásához, fejlesztési koncepciók, stratégiák vagy programok kidolgozásához. Az osztály kutatói fontos feladatuknak tartják felsőoktatási tevékenységüket, illetve a helyi tudományos és társadalmi életben való aktív részvételt. A két telephelyen működő könyvtári egység jelentős segítséget nyújt a térségben tanuló diákoknak és egyéb szakmai érdeklődőknek.