2 monográfia, 5 könyvszerkesztés, 4 önálló kiadvány, 15 könyvfejezet, 100 tudományos közlemény, 2 publikált szakfordítás, 12 idegen nyelvű publikáció.
Publikációit megjelentető fontosabb folyóiratok: Magyar Tudomány, Tér és Társadalom, Falu–Város–Régió, Társadalomkutatás, Magyar Közigazgatás, Comitatus, Európai Tükör, Limes
Munkáiról megjelent ismertetés: 7, ebből 2 külföldön.
Teljes publikációs és hivatkozásjegyzék (Magyar Tudományos Művek Tára)
Válogatott tudományos közlemények
The political geographical aspects of cross-border illegal migration at the south Hungarian borders since the collapse of the bipolar world. In: Barwinski M. (ed.) Borderlands of Nations, nations of borderlands: Minorities in the borderlands and on the fringes of countries. Lodz; Opole : University of Lodz; Silesian Institute in Opole, 2017. pp. 225-238. (Region and regionalism; No. 13. vol. 1.)
Állam vagy/és ország: Fogalmi és területi ütközések a Kárpát-medencében = Történeti Földrajzi Közlemények 5. 2017 3-4. pp. 1-21.
Hardi Tamás – Hajdú Zoltán – Mezei István: Határok és városok a Kárpát-medencében Győr: MTA Regionális Kutatások Központja, 2009. 374 p.
Zoltán Hajdú – Gábor Lux – Ilona Pálné Kovács – Edit Somlyódyné Pfeil: Local Dimensions of a Wider European Neighbourhood: Crossborder Relations and Civil Society in the Hungarian-Ukrainian Border Area: The Case of the EUDIMENSIONS Project. Pécs : Centre for Regional Studies HAS, 2009. 60 p. (Discussion Papers 71.)
Városok és a közigazgatási terület-szervezés a Kárpát-medencében az I. világháború utáni időszaktól az Európai Unióig. In: Határok és városok a Kárpát-medencében. szerk. Hardi Tamás – Hajdú Zoltán – Mezei István. Győr: MTA Regionális Kutatások Központja, 2009. 83-132. p.
Kárpátalja területi autonómiája: alapvető államstruktúra- és határváltozások, de a kérdés örök? In: Kisebbségi autonómia-törekvések Közép-Európában - a múltban és a jelenben : Tanulmányok. szerk. Kupa László. Pécs : PTE : Bookmaster Kft., 2009. pp. 208-216.
Hajdú Zoltán: Horvátország In: Magyarország történeti földrajza II. kötet. szerk Beluszky Pál. Budapest-Pécs: Dialóg Campus Kiadó, 2007. 411-421. p.
Hajdú Zoltán: State development, regionalisation and decentralisation processes in Central and Eastern Europe in the time of the systemic changes (1989–2005). In: Regional Decentralization in Central and Eastern Europe. Ed. Pálné Kovács I. Pécs: University of Pécs Department of Political Studies, 2007. 7–30. p. (Political Studies of Pécs, 4.)
Hajdú Zoltán – Illés Iván – Raffay Zoltán (szerk.): Délkelet-Európa: Államhatárok, határokon átnyúló kapcsolatok, térstruktúrák. MTA Regionális Kutatások Központja, 2007. 161 p.
Hajdú Zoltán – Illés Iván – Raffay Zoltán (eds.): Southeast-Europe: State Borders, Cross-Border Relations, Spatial Structures. Pécs: Centre for Regional Studies, Hungarian Academy of Sciences, 2007. 160 p.
Hajdú Zoltán – Nagy Imre: Changing border situations within the context of Hungarian geopolitics. In: EU Enlargement, Region Building and Shifting Borders of Inclusion and Exclusion. Ed. J. W. Scott. Aldershot: Ashgate, 2006. 65–80. p. (Border Regions Series).
Hajdú Zoltán – Szabó-Kovács Bernadett: Településállomány, településhálózat, térszerkezeti sajátosságok. In: Dél-Dunántúl. Szerk. Hajdú Z. Pécs–Budapest: MTA Regionális Kutatások Központja, Dialóg Campus Kiadó, 2006. 73–133. p. (A Kárpát-medence Régiói, 3.)
Hajdú Zoltán – Szabó-Kovács Bernadett: Településállomány, településhálózat, térszer-ezeti sajátosságok. In: Dél-Dunántúl. Szerk. Hajdú Z. Pécs–Budapest: MTA Regionális Kutatások Központja, Dialóg Campus Kiadó, 2006. 73–133. p. (A Kárpát-medence Régiói, 3.)
Hajdú Zoltán – Győri Róbert (szerk.): Kárpát-medence: települések, tájak, régiók, térstruktúrák. Pécs–Budapest: MTA Regionális Kutatások Központja, Dialóg Campus Kiadó, 2006. 450 p.
Hajdú Zoltán (szerk.): Dél-Dunántúl. Pécs–Budapest: MTA Regionális Kutatások Központja, Dialóg Campus Kiadó, 2006. 499 p. (A Kárpát-medence Régiói, 3.)
Hajdú Zoltán: Magyarország közigazgatási földrajza. 2. javított kiadás. Budapest–Pécs: Dialóg Campus Kiadó, 2005. 332 p. (Studia Regionum)(Dialóg Campus Tankönyvek)(Területi és Települési Kutatások, 17.).
Hajdú Zoltán: India politikai földrajza. In: Ázsia politikai földrajza. Szerk. Pap N. Pécs: Alexandra, 2005. 195–228. p.
Hajdú Zoltán: A társadalom és a gazdaság területi folyamatait befolyásoló ideológiai, politikai és törvényi környezet a 19–20. század fordulóján. In: Magyarország történeti földrajza I. kötet. Szerk. Beluszky P. Budapest–Pécs: Dialóg Campus Kiadó, 2005. 103–120. p.
Hajdú, Zoltán: Carpathian Basin and the Development of the Hungarian Landscape Theory Until 1948. Pécs: Centre for Regional Studies, 2004. 47 p. (Discussion Papers, 44.).
Hajdú, Zoltán: Political geographical issues of Hungary’s accession to the European Union. = Földrajzi Értesítő, 53. 2004. 1–2. 51–76. p.
Hajdú Zoltán: A közigazgatási régió történeti, funkcionális összefüggései és alakváltozásai Magyarországon. = Magyar Tudomány, 110. (49) 2004. 9. 942–951. p.
Hajdú, Zoltán–Pálné Kovács, Ilona (eds.): Portrait of South Transdanubia: A Region in Transition. Pécs: Hungarian Academy of Sciences Centre for Regional Studies, 2003. 204 p.
Hajdú Zoltán: Az intézményes Balkán-kutatás kialakulásának és fejlődésének problémái Magyarországon 1948-ig, különös tekintettel a földrajzi kutatásokra. Pécs: Pécsi Tudományegyetem Természettudományi Kar Kelet-Mediterrán és Balkán Tanulmányok Központja, 2003. 71 p. (Balkán füzetek, 1.)
Hajdú Zoltán–Dövényi Zoltán (összeáll.): A magyarországi Duna-völgy területfejlesztési kérdései I–II. Szerk.: Glatz F. Budapest: MTA, 2002. (Magyarország az ezredfordulón. Stratégiai kutatások a Magyar Tudományos Akadémián. IV. A területfejlesztési program tudományos alapozása).
Hajdú Zoltán: A település-, településhálózat- és területfejlesztés hazai múltja. In: A terület- és településfejlesztés kézikönyve. Szerk.: Beluszky P., Kovács Z., Olessák D. Budapest: CEBA Kiadó, 2001. 18–25. p. (Magyarország kézikönyvtára).
Hajdú Zoltán: Erdély történetileg változó államföldrajzi problematikája: közigazgatási régió, részállam, önálló állam, államrész? In: A kulturális térségek szerepe a regionális fejlesztésben. Válogatás a 2000. április 13–15-i tusnádfürdői konferencián elhangzott előadásokból. Szerk.: Papp Kincses E., Kassay J., Kánya J. Csíkszereda: Székelyföld 2000 Munkacsoport, 2001. 209–222. p.
Hajdú Zoltán: Az Európai Unió fejlődésének és reformjának politikai földrajzi alapkérdései (A hatalom és egyetértés dilemmái). In: Emlékkönyv Bihari Ottó egyetemi tanár születésének 80. évfordulójára. Szerk.: Petrétei J. Pécs: PTE Állam- és Jogtudományi Kar, MTA RKK Dunántúli Tudományos Intézete, 2001. 163–178. p. (Studia Iuridica Auctoritate Universitatis Pécs Publicata, 128.).
Hajdú Zoltán: A terület- és településfejlesztés nemzetközi gyakorlata. In: A terület- és településfejlesztés kézikönyve. Szerk.: Beluszky P., Kovács Z., Olessák D. Budapest: CEBA Kiadó, 2001. 11–17. p. (Magyarország kézikönyvtára).
Hajdú Zoltán: Teleki Pál tájelméleti munkássága. = Földrajzi Közlemények, 49. 2001. 1–2. 51–64. p.
Hajdú Zoltán: Political geographical research of the Balkans in Hungary. = Geographica Slovenica, 34. 2001. 1. 115–129. p.
Hajdú Zoltán: A magyar közigazgatási régiók tértörténeti problematikája. In: Területfejlesztés és közigazgatás-szervezés (Megye, régió, kistérség). Szerk.: Glatz F., Összeáll.: Horváth Gy., Pálné Kovács I. Budapest: MTA, 2000. 91–108. p. (Magyarország az ezredfordulón. Stratégiai kutatások a Magyar Tudományos Akadémián. IV. A területfejlesztési program tudományos alapozása).
Hajdú Zoltán: Transformation of the Hungarian public administration system after 1989. In: Hungary Towards the 21st Century – the Human Geography of Transition. Ed.: Z. Kovács. Budapest: Geographical Research Institute HAS, 2000. 99–115. p. (Studies in Geography in Hungary, 31.).