Az MTA KRTK Regionális Kutatások Intézete Közép- és Észak-magyarországi Tudományos Osztályának (KÉTO) jogelődje, a Regionális Tudományos Osztály 1984-ben jött létre az MTA Regionális Kutatások Központja (RKK) egyik alapító osztályaként. Az RKK megalakulásakor az MTA Földrajztudományi Kutatóintézetéből több osztály és kutatócsoport vált ki, pl. a Tóth József vezette Alföldi Osztály (Békéscsaba) és a Csatári Bálint vezette Településkutató Csoport (Kecskemét), hogy a formálódó új intézményhez csatlakozzon.
Ennek során az FKI budapesti központjának egyik kutatócsoportja (a Területfejlesztés Földrajza Osztály) lett a bázisa az RKK budapesti intézetének is. Az FKI-ból hat kutató (Barta Györgyi, Daróczi Eta, Kéri András, Orosz Éva, Sikos T. Tamás, Zentai Violetta) érkezett a Regionális Tudományos Osztályhoz, míg (a korábban szintén a Földrajztudományi Kutatóintézetben dolgozó) Beluszky Pál az Államigazgatási Szervezési Intézetből került az Osztály élére.
A Regionális Tudományos Osztály nevének megválasztása összhangban volt azzal a törekvéssel, hogy miközben az RKK országos hálózata (így pl. a Miskolci Osztály) a helyi, regionális kutatási témákat részesítette előnyben, addig (a szűkebb földrajzi környezetéhez kevésbé kötődő) fővárosi osztály figyelme az általánosabb tudományelméleti kérdések és az intézet nemzetközi kapcsolatrendszerének kiépítése felé forduljon.
A KÉTO másik alapító osztálya, a Miskolci Osztály 1988-ban jött létre.
A Regionális Tudományos Osztály 1992-ben vette fel a Budapesti Osztály nevet, megfelelve annak az egységesítő szándéknak, hogy a RKK kutatóhelyei városuk nevét viseljék. Majd 1997-ben, az RKK egységeinek igazgatóságokba való szervezése során, a Budapesti és a Miskolci Osztály együtt alakította meg az RKK Közép- és Észak-magyarországi Tudományos Intézetét (KÉTI).
2001-ben a mintegy tucatnyi munkatárssal működő Budapesti Osztály kettévált, a Budapesti Osztály (BO) és a Térségfejlesztési Kutatások Osztálya (TKO) között munkamegosztás alakult ki: a BO elsősorban történeti földrajzi, gazdaságföldrajzi, városfejlesztési-várospolitikai kutatásokat folytatott, kiemelten a Közép-magyarországi régióban; a TKO pedig a területi- társadalmi különbségekkel, az esélyegyenlőtlenséggel, a migráció, helyi társadalom és identitás kérdéseivel foglalkozott az elmaradott agrártérségekben, az aprófalvakban.
2008-ban a Miskolci Osztály megszüntetése után az észak-magyarországi kutatásokat jórészt a Térségfejlesztési Kutatások Osztálya vette át.
2011 januárjától az RKK vezetésének döntése értelmében Közép- és Észak-magyarországi Tudományos Intézeten belül megszűnt az osztálystruktúra, így a Budapesti és a Térségfejlesztési Kutatások Osztálya munkatársai szervezetileg egy intézeti egységben folytatták munkájukat. Az MTA kutatóközponti átszervezése (és az elnevezések egységesítése) eredményeképp a korábbi intézetből osztály lett, így 2012 januárjától az MTA Közgazdaság- és Regionális Tudományi Kutatóközpont Regionális Kutatások Intézete Közép- és Észak-magyarországi Tudományos Osztályaként működünk.
Az osztály 25 éves története során több alkalommal is telephelyet váltott: kezdetben MTA vári épületegyüttesében (I. ker. Országház u. 9., illetve Úri u. 49.) kapott elhelyezést; később pedig a Teréz krt. 13. I. és IV. emeletére költözött. 2012 februárjától az akadémiai létesítménygazdálkodás átalakítása következtében az osztály a Budaörsi út 45. alatti MTA Kutatóházban kapott elhelyezést.