Az MTA RKK KÉTI Budapesti Osztályának jogelődje, a Regionális Tudományos Osztály, 1984-ben jött létre az RKK egyik alapító osztályaként. Az RKK megalakulásakor az MTA Földrajztudományi Kutatóintézetéből több osztály és kutatócsoport vált ki, pl. a Tóth József vezette Alföldi Osztály (Békéscsaba) és a Csatári Bálint vezette Településkutató Csoport (Kecskemét), hogy a formálódó új intézményhez csatlakozzon.

Ennek során az FKI budapesti központjának egyik kutatócsoportja (a Területfejlesztés Földrajza Osztály) lett a bázisa az RKK budapesti intézetének is. Az FKI-ból hat kutató (Barta Györgyi, Daróczi Eta, Kéri András, Orosz Éva, Sikos T. Tamás, Zentai Violetta) érkezett a Regionális Tudományos Osztályhoz, míg (a korábban szintén a Földrajztudományi Kutatóintézetben dolgozó) Beluszky Pál az Államigazgatási Szervezési Intézetből került az Osztály élére.

Az új tudományos intézmény nevének megválasztása összhangban volt azzal a törekvéssel, hogy miközben az RKK országos hálózata a helyi, regionális kutatási témákat részesítette előnyben, addig (a szűkebb földrajzi környezetéhez kevésbé kötődő) fővárosi osztály figyelme az általánosabb tudományelméleti kérdések és az intézet nemzetközi kapcsolatrendszerének kiépítése felé forduljon.

Az osztály 1992-ben vette fel a Budapesti Osztály nevet, megfelelve annak az egységesítő szándéknak, hogy a RKK kutatóhelyei városuk nevét viseljék. Majd 1997-ben, az RKK egységeinek igazgatóságokba való szervezése során, a Budapesti és a Miskolci Osztály együtt alakította meg az RKK Közép- és Észak-magyarországi Tudományos Intézetét.

Az osztály 25 éves története során több alkalommal is telephelyet váltott: kezdetben MTA vári épületegyüttesében (I. ker. Országház u. 9., illetve Úri u. 49.) kapott elhelyezést; 2006-ban pedig a Teréz krt. 13-ba költözött.

A megalakulást követően az osztály munkatársai, a regionális tudomány interdiszciplináris jellegének megfelelően, a társadalomtudományok szélesebb köréből verbuválódtak (geográfusok, közgazdászok, szociológusok, történészek).

A mintegy tucatnyi munkatárssal működő osztály 2001-ben kettévált (Budapesti Osztály, illetve Térségfejlesztési Kutatások Osztálya); jelenleg a Budapesti Osztályon 7 fő (ebből 6 kutató) dolgozik.

A kutatók számos hazai és nemzetközi szakmai szervezetnek tagjai, többen közülük részt vesznek a felsőoktatásban is; profiljukba elsősorban történeti földrajzi, gazdaságföldrajzi, valamint városföldrajzi, városfejlesztési és várospolitikai alap- és alkalmazott kutatások tartoznak. Az osztály kiemelt kutatási területe – az RKK többi egységéhez hasonlóan – a saját régióján belül zajló területi folyamatok feltárása és értékelése: Budapest, a budapesti agglomeráció, a Közép-magyarországi régió vizsgálata; emellett az osztály munkatársai országos és kelet-közép-európai kutatásokat is folytatnak.