Benyújtotta lemondását Horváth Gyula igazgató. Az MTA Közgazdaság- és Regionális Tudományi Kutatóközpont főigazgatója a lemondást elfogadta, és 2012. május 15-i hatállyal felmentette tisztségéből. A lemondás oka, amelyet Horváth Gyula a főigazgatónak címzett feljegyzésben részletezett, hogy az új kutatóközpont szervezési stratégiáját illetően a megbízott főigazgató elképzeléseivel ellentétes – a Regionális Kutatások Központjának eredményes hálózatirányítási gyakorlatán nyugvó – koncepciót képviselt.
Horváth Gyula 1997. május 1-jén lett az MTA Regionális Kutatások Központjának főigazgatója. Vezetése alatt az MTA Regionális Kutatások Központja a regionális tudomány Európa-szerte elismert, jelentős tudományos kvalifikációjú, modern kutatóintézetté vált.
Az RKK – noha költségvetési támogatások fajlagos mutatóit tekintve az MTA intézeti rangsorában az utolsó helyen állt – a regionális tudomány vezető intézményeként működött. Tevékenységének eredményeképpen Magyarországon ma e tudományágazat valamennyi eleme elsősorban ehhez az intézményhez kötődik. 1987 óta folyamatosan jelenik meg a Tér és Társadalom folyóirat, az intézet által gondozott Studia Regionum sorozatban 42 monográfiát publikáltak, a kutatási eredmények nemzetközi népszerűsítését szolgáló angol nyelvű Discussion Papers sorozat száz kötete jelent meg.
Horváth Gyula kezdeményezésére alakultak meg a határon túli magyar regionális tudományi műhelyek, az ő szerkesztésében jelentek meg „A Kárpát-medence régiói” c. sorozat kötetei. Vezetésével került kidolgozásra a regionális tudomány első egyetemi képzési (graduális és PhD) programja, és alakult meg a Magyar Regionális Tudományi Társaság.
Az RKK és igazgatója nemzetközi szakmai elismeréséül Pécsett került megrendezésre a Regional Studies Association 2010. évi konferenciája, amelyen 39 országból 650 kutató vett részt.
A sikeres tudományszervező munka okán a Regionális Kutatások Intézetének közössége sajnálattal veszi tudomásul az igazgató döntését, megköszöni eddigi vezetői teljesítményét. Az intézet vezetői kollektívája törekszik arra, hogy a Regionális Kutatások Központjában alkalmazott kutatásszervezési elvek és hálózatos, decentralizált intézet irányítási módszerek az új integrált kutatóközpont keretében a jövőben is megmaradjanak.